روش‌شناسی فقه سیاسی میرزای نائینی در نهضت مشروطه یکی از مسائل اساسی در عرصه فقه سیاسی شیعه به شمار می‌آید از این رو، نقد و بررسی این مهم هدف پژوهش حاضر است. در این راستا امتیازات و چالش‌های مشروطه با تکیه بر اندیشه سیاسی میرزای نائینی به عنوان یک فقیه جامع‌الشرائط مورد بحث قرار گرفت. نتایج به دست آمده نشان می‌دهد هر‌چند در عمل، کاربست فقه سیاسی در مشروطه توانست با پیشگامی روحانیت در راستای مسئله محوری، نفی استبداد و پاسخ به نیاز‌های جامعه و نظام سازی به توفیقاتی دست یابد ولی در انقلاب مشروطه اموری چون؛ عدم تمرکز به ساختار مطلوب (ولایت‌مدار)، عدم عنایت به حکومت اسلامی به صورت کلان و فقه سیاسی حداکثری پس از توجه به استقلال سیاسی و آزادی سیاسی، قرار گرفتن مشروطه عملاً ذیل گفتمان حاکمیت جائر و فقدان شناخت مناسب نسبت به جامعه و زمانه از چالش‌های قضیه مشروطه بود که در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفته است.
این تحقیق با روش توصیفی – تحلیلی رویکرد فقه سیاسی نائینی را مورد عنایت قرار داده و به این باور رسیده که فقه سیاسی نائینی کوشیده تا اندازه‌ای نظام استبدادی را محدود کرده و توانسته در حلّ برخی معضلات جامعه آن عصر نقش ایفا کند لکن در تضمین استقلال و آزادی مطلوب توفیق چندانی کسب نکرده برخلاف نظام سیاسی ولایی که از ظرفیت بسیار بالایی در حل مسائل نظام برخوردار است و لذا می‌تواند علاوه بر تضمین استقلال و آزادی، مسائل و مشکلات فراروی نظام را حل کند.